Το Πανεπιστημιακό Γυμναστήριο Ηρακλείου αποτελείται από δύο κύρια συγκροτήματα. Το πρώτο στεγάζει κλειστό κολυμβητήριο μήκους 25 μέτρων και 5 διαδρομών με τους βοηθητικούς του χώρους, ενώ το δεύτερο στεγάζει αίθουσα αθλοπαιδιών διαστάσεων 35,7 x 28,9 μέτρων και χωρητικότητας 1080 καθήμενων θεατών (σε καθίσματα), αίθουσα γυμναστικής διαστάσεων 26,6 x 9,3 μέτρων με τους βοηθητικούς τους χώρους καθώς και τους χώρους διοίκησης, ιατρείο, αίθουσα ελέγχου και γραφεία διαιτητών. Στο δεύτερο συγκρότημα φιλοξενείται ο χώρος που προορίζεται για το κυλικείο του Γυμναστηρίoυ, δίπλα στις κερκίδες, ενώ έχει εγκριθεί η διαμόρφωση του χώρου κάτω από τις κερκίδες σε σκοπευτήριο αεροβόλου όπλου. Στον περιβάλλοντα χώρο έχει ήδη ξεκινήσει η κατασκευή ενός γηπέδου ποδοσφαίρου μικρών διαστάσεων και έχει εγκριθεί η κατασκευή διαδρόμου τρεξίματος (jogging). Προβλέπεται επίσης η κατασκευή ανοικτών γηπέδων αντισφαίρισης και καλαθοσφαίρισης που θα μετατρέψουν τον χώρο του Πανεπιστημιακού Γυμναστηρίου Ηρακλείου σε ένα σύγχρονο Αθλητικό Κέντρο.

Κύριο χαρακτηριστικό των εγκαταστάσεων είναι η πολύ καλή ποιότητα κατασκευής και η άνεση στους βοηθητικούς χώρους (αποδυτήρια και χώροι υγιεινής) καθώς το κάθε συγκρότημα διαθέτει τους δικούς του χώρους που δεν επικοινωνούν μεταξύ τους, με αποτέλεσμα να είναι δυνατή η λειτουργία της αίθουσας αθλοπαιδιών-γυμναστικής και του κολυμβητηρίου χωρίς ο ένας χώρος να επηρεάζει τον άλλο. Επίσης έχει προβλεφθεί η χρήση των εγκαταστάσεων από άτομα με ειδικές ανάγκες.

Το κολυμβητήριο είναι εξοπλισμένο με όργανα αεροβικής γυμναστικής στο νερό, θεραπευτικής γυμναστικής στο νερό καθώς και για παιγνίδια νερού, ενώ διαθέτει εξοπλισμό για αγώνες υδατοσφαίρισης

Η αίθουσα αθλοπαιδιών διαθέτει εξοπλισμό για αγώνες καλαθοσφαίρισης πετοσφαίρισης, χειροσφαίρισης, και αντιπταίρισης που πληροί τις διεθνείς προδιαγραφές για αγώνες επαγγελματικών κατηγοριών. Επίσης έχει εξοπλισθεί με τραπέζια για επιτραπέζια αντισφαίριση ολυμπιακών προδιαγραφών. Λόγω του μεγάλου πλάτους της αίθουσας αθλοπαιδιών, είναι δυνατή η διεξαγωγή αγώνων κλειστού στίβου (άλματα και ρίψεις σφαίρας), εφ’ όσον υπάρξει ο κατάλληλος εξοπλισμός.

Η αίθουσα γυμναστικής έχει εξοπλισθεί με όργανα αεροβικής γυμναστικής, και ενδυνάμωσης.

Η αισθητική και λειτουργικότητα του συγκροτήματος έχει συγκεντρώσει θετικότατες κριτικές από όλους όσοι είχαν την δυνατότητα να το ζήσουν έστω και για λίγο και θεωρείται ως ένα από τα καλύτερα Πανεπιστημιακά Κλειστά Γυμναστήρια της Χώρας.